Pendidikan Agama Islam memiliki sejumlah karakteristik yang khas. Konsekuensinya, PAI memiliki kompleksitas yang lebih, dibandingkan mata pelajaran lain. PAI tidak terbatas pada upaya olah pikir, tetapi juga meniscayakan oleh kalbu. Dengan adanya kompleksitas dan kekhasan pada PAI itulah, maka penelitian kualitatif dapat digunakan untuk memahami dan mencari solusi atas berbagai masalah terkait pendidikan agama Islam, sehingga para pendidik dan calon pendidik tidak sekedar mengetahui, tetapi juga menghayati kompleksitas masalahnya, dapat merasakan secara empatis penghayatan para partisipan yang diteliti, dan dapat mencari temukan solusi yang bermakna dan fungsional.