Pluralisme banyak disalahpahami oleh sebagian umat Islam Indonesia. Hal itu dikarenakan mereka memahami pluralisme sebagai upaya menganggap semua agama adalah benar. Pluralisme yang dimaksud ini adalah pengakuan bahwa ada kebenaran pada setiap agama terutama pada nilai-nilai universal, semisal kebebasan, persamaan, persaudaraan, dan saling menghormati