Posisi umat islam di papua ketika di bawah kolonial belanda, sangat terjepit oleh persaingan misi katholik dan zending kristen yang memperbanyak pengikutnya dan mendirikan lembaga-lembaga pendidikan di hampir semua pelosok papua. Setelah papua bergabung secara resmi ke NKRI pada tanggal 1 Mei 1963 perkembangan dan dinamika islam semakin marak dengan masuknya imigran spontan terutama dari sulawesi, jawa dan maluku.