Untuk mencapai keterpaduan sains dan agama, perlu adanya dekonstruksi pandangan-pandangan sekularistik, baik pada tatanan epistemologi, ontologi, dan aksiologi lalu merekonstruksinya dengan berbasis akidah islam. Namun sampai saat kini umat islam masih kesulitan medekonstruksi bangunan keilmuan barat, dan merekonstruksi bangunan keilmuan tersebut sesuai dengan akidah islam.