Peran ZIS akan sangat besar jika dikelola dengan baik, sehingga akuntansinya untuk zakat perlu dipahami, karena amil (orang yang mengumpulkan dan membagikan zakat) bertanggung jawab terhadap harta yang diamanahkan kepadanya. Disampingitu karena peruntukan harta zakat adalah untuk kemaslahatan umat, maka amil juga bertanggung jawab kepada publik dan pemerintah.