Pemahaman Muhammadiyah dan praktik pluralisme positif dibangun atas dasar ideologi Muhammadiyah sebagai islam puritan yang pluralis. Pendidikan Muhammadiyah terbukti toleran terhadap perbedaan agama, nyatanya secara institusional mengakomodir siswa non muslim yang belajar disekolah Muhammadiyah. Model pendidikan agama dalam Muhammadiyah berkontribusi terhadap harmoni sosial, kerukunan antar agama dan penerimaan terhadap pluralisme.